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原位雜交是指將特定標記的已知順序核酸為探針與細胞或組織切片中核酸進行雜交，從而對特定核酸順序進行精確定量定位的過程。原位雜交可以在細胞標本或組織標本上進行。
原位雜交的特點是雜交在顯微鏡載玻片上中期染色體標本上進行。所謂原位即指標本上DNA原位變性，在利用放射性或非放射性標記的已知核酸探針雜交后，通過放射自顯影或非放射性檢測體系來檢測染色體上特異DNA或RNA順序，可用放射性顆粒在某條染色體的區帶出現的最高頻率或熒光的強弱來確定探針的位置，從而進行準確的基因定位。
原位雜交的應用范圍：
①細胞特異性mRNA轉錄的定位，可用于基因圖譜，基因表達和基因組進化的研究；
②感染組織中病毒DNA/RNA的檢測和定位，如EB病毒mRNA、人類乳頭狀瘤病毒和巨細胞病毒DNA的檢測；
③癌基因、抑癌基因及各種功能基因在轉錄水平的表達及其變化的檢測；
④基因在染色體上的定位；
⑤檢測染色體的變化，如染色體數量異常和染色體易位等；
⑥分裂間期細胞遺傳學的研究，如遺傳病的產前診斷和某些遺傳病基因攜帶者的確定，某些腫瘤的診斷和生物學劑量測定等。
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